FN P90 был построен по схеме булл-пап, автоматика работает по схеме со свободным затвором.
Магазин (конструктор — Rene Predazzer, патент США № 4 905 394 от 6 марта 1990 года) установлен поверх ствольной коробки и его ёмкость составляет 50 патронов, при этом патроны в нём расположены горизонтально, перпендикулярно стволу и перед подачей в патронник разворачиваются на 90 градусов. Магазин сделан из прозрачного пластика, что позволяет стрелку в видеть количество патронов в нём. Наполнение магазина производится обычным образом. Стреляные гильзы выбрасываются вниз, через полую рукоятку управления огнём. FN Р90 оборудован встроенным коллиматорным прицелом кратности 1Х с прицельной сеткой в виде буквы Т. Прицельная сетка имеет автоматически регулируемую подсветку в зависимости от наружной освещённости; также оружие оснащено лазерным целеуказателем, расположенным снизу. Кроме того, к нему прилагается глушитель, но его эксплуатация возможна лишь при использовании патронов с дозвуковой скоростью. Одной из основных задач конструкторов было максимальное снижение веса оружия и боеприпасов. Бельгийские конструкторы пошли по пути создания малокалиберного патрона с высокой начальной скоростью пули и разработали соответствующий поставленным требованиям боеприпас, обладавший настильной траекторией полёта пули и дававший небольшую силу отдачи, что облегчало ведение огня и поражение противника для неопытных солдат со слабой огневой подготовкой. Такой комплекс оружие-патрон был призван в перспективе заменить в действующих армиях стран НАТО пистолеты и пистолеты-пулемёты под традиционный патрон 9 мм Парабеллум.
